隋开皇十年（590）至清末属吉水县（州）文昌乡；土地革命战争时期，隶属公略县。建国初期，境域分属水南区泷江、泸江、三元乡。1958年，建水南公社，1959年，分为西团、水南2公社，1968年，复归水南公社。1984年，改社为水南乡。1986年3月，水南由乡改为镇建置。2001年12月，撤销邱陂乡成建置划归水南镇管辖，镇政府驻地由水南圩镇迁至水北（文昌北街）。 [2]
